Kegiatan perpajakan perusahaan berjalan bersamaan dengan berbagai aktivitas bisnis, mulai dari transaksi penjualan dan pembelian, pencatatan pembukuan, pembayaran pajak, hingga pelaporan SPT.
Dalam proses tersebut, kesalahan dapat muncul karena data yang tidak sesuai, dokumen yang sulit ditelusuri, perhitungan yang kurang tepat, atau prosedur yang belum menyesuaikan perubahan ketentuan.
Masalahnya, kesalahan pajak tidak selalu langsung terlihat ketika transaksi dilakukan. Perbedaan baru bisa diketahui saat perusahaan melakukan rekonsiliasi, menyiapkan SPT, atau melakukan pemeriksaan kembali terhadap dokumen transaksi.
Karena itu, perusahaan perlu memiliki proses yang membantu menemukan dan mencegah kesalahan sejak awal.
Baca Juga : Apa Saja Kewajiban Pajak yang Perlu Dipenuhi Perusahaan?
1. Salah Menentukan Perlakuan Pajak atas Transaksi
Setiap transaksi perusahaan perlu dilihat dari karakteristik transaksinya, bukan hanya dari nama akun atau kebiasaan pencatatan sebelumnya. Jenis barang atau jasa, pihak yang terlibat, kontrak, waktu transaksi, hingga dokumen yang tersedia dapat memengaruhi perlakuan pajaknya.
Kesalahan bisa terjadi ketika perusahaan menggunakan perlakuan pajak dari transaksi lama untuk transaksi baru yang sebenarnya memiliki karakteristik berbeda.
Untuk menghindarinya, perusahaan dapat membuat panduan transaksi yang memuat:
- jenis pajak yang terkait;
- dasar pengenaan pajak dan tarif yang digunakan;
- dokumen yang harus tersedia;
- pihak yang bertanggung jawab;
- dasar aturan yang digunakan dan waktu terakhir dilakukan review.
Transaksi yang baru muncul atau memiliki struktur lebih kompleks sebaiknya ditinjau terlebih dahulu sebelum diproses secara rutin.
Dengan begitu, perusahaan tidak hanya mengikuti kebiasaan sebelumnya, tetapi memiliki dasar yang jelas ketika menentukan perlakuan pajak atas transaksi.
2. Tidak Menjelaskan Selisih Pembukuan dan Data Pajak
Data dalam pembukuan dan data yang digunakan untuk pelaporan pajak tidak selalu harus memiliki angka yang sama. Perbedaan dapat terjadi karena perbedaan waktu pengakuan transaksi maupun perlakuan fiskal tertentu.
Karena itu, adanya selisih belum tentu berarti perusahaan melakukan kesalahan. Yang perlu diperhatikan adalah apakah selisih tersebut dapat dijelaskan dan didukung dengan bukti yang memadai.
Perusahaan dapat melakukan rekonsiliasi secara berkala dengan membandingkan, antara lain:
- data penjualan;
- biaya dan transaksi pembelian;
- faktur pajak;
- bukti pemotongan atau pemungutan;
- pembayaran dan penyetoran pajak;
- data yang akan digunakan dalam SPT.
Setiap selisih sebaiknya dicatat bersama penyebabnya, dokumen pendukung, serta tindak lanjut yang diperlukan. Cara ini membuat perusahaan lebih mudah mengetahui mana selisih yang memang merupakan perbedaan perlakuan dan mana yang perlu diperbaiki.
3. Terlambat Membayar atau Melaporkan Pajak
Kesalahan administrasi juga dapat terjadi ketika perusahaan terlambat membayar atau melaporkan kewajiban pajaknya. Penyebabnya bisa sederhana, misalnya data belum selesai dikumpulkan, proses review terlambat, atau tidak ada PIC yang memastikan kewajiban sudah diselesaikan.
Untuk SPT Tahunan PPh Badan, batas waktu penyampaian adalah paling lama empat bulan setelah akhir Tahun Pajak. Keterlambatan penyampaian pada prinsipnya dapat dikenai denda administrasi Rp1 juta, dengan pengecualian tertentu sesuai ketentuan perpajakan. [1][2]
Perusahaan juga dapat menggunakan fasilitas perpanjangan waktu penyampaian SPT Tahunan apabila memenuhi persyaratan yang berlaku. Perpanjangan tersebut bukan berarti perusahaan bebas dari kewajiban pembayaran. Untuk SPT Tahunan yang menunjukkan kekurangan pembayaran, pajak yang terutang tetap perlu dilunasi sebelum SPT disampaikan sesuai ketentuan. [1][2]
Hal lain yang perlu diperhatikan adalah membedakan keterlambatan pelaporan SPT dengan keterlambatan pembayaran atau penyetoran pajak. Keduanya memiliki konsekuensi yang berbeda sehingga perusahaan tidak sebaiknya hanya berfokus pada tenggat pelaporan.
Pencegahannya dapat dilakukan dengan membuat kalender pajak internal yang mencakup:
- batas pengumpulan data;
- jadwal review;
- batas pembayaran;
- batas penyampaian SPT;
- PIC utama dan PIC pengganti;
- bukti pembayaran serta bukti pelaporan.
Dengan jadwal internal tersebut, perusahaan tidak harus bekerja berdasarkan deadline resmi pada hari terakhir.
4. Dokumen Ada, tetapi Sulit Ditelusuri
Memiliki dokumen pajak bukan berarti dokumentasi perusahaan sudah tertata dengan baik. Dalam praktiknya, dokumen transaksi bisa tersebar di bagian keuangan, administrasi, purchasing, sales, atau penyimpanan digital yang berbeda.
Kondisi tersebut dapat menyulitkan ketika perusahaan perlu menelusuri satu transaksi dari awal sampai akhir.
Ketentuan perpajakan mengharuskan dokumen yang menjadi dasar pembukuan atau pencatatan disimpan dalam jangka waktu tertentu. Berdasarkan ketentuan KUP, dokumen termasuk data yang dihasilkan dari pengolahan data secara elektronik perlu disimpan selama 10 tahun di Indonesia. [1]
Untuk penyimpanan digital, perusahaan juga perlu memastikan dokumen dapat dibaca dan ditelusuri kembali. Jadi, bukan sekadar semua file sudah masuk ke sebuah folder.
Salah satu cara yang dapat diterapkan adalah menggunakan nomor atau identitas transaksi yang sama pada dokumen terkait, misalnya:
Mulai dari kontrak, invoice, faktur pajak atau bukti potong, bukti pembayaran, hingga pencatatan dalam pembukuan.
Perusahaan juga sebaiknya menerapkan pengaturan akses, pencadangan data, dan pengecekan berkala terhadap dokumen lama untuk memastikan file masih dapat dibuka dan digunakan ketika dibutuhkan.
5. Prosedur Belum Mengikuti Perubahan Aturan dan Sistem Pajak
Aturan serta sistem administrasi perpajakan dapat berubah. Ketika perusahaan masih menggunakan prosedur lama tanpa melakukan review, risiko kesalahan administrasi dapat meningkat.
Salah satu contoh perubahan tersebut adalah PMK 1 Tahun 2026, yang merupakan perubahan keempat atas PMK 81 Tahun 2024 mengenai ketentuan perpajakan dalam rangka pelaksanaan Sistem Inti Administrasi Perpajakan. Ketentuan tersebut mulai berlaku pada 22 Januari 2026. [3]
Perubahan juga terjadi pada mekanisme pembetulan SPT di Coretax. Berdasarkan penjelasan DJP mengenai PER-12/PJ/2026, mulai 1 Oktober 2026 digunakan skema replace dalam pembetulan SPT untuk SPT Tahun Pajak 2025 dan seterusnya. Dalam skema tersebut, SPT hasil pembetulan menggantikan SPT sebelumnya sebagai dasar data terbaru. Terdapat pula ketentuan transisi dalam penerapannya. [4][5]
Karena itu, perusahaan perlu memastikan SOP dan panduan internal selalu mengikuti aturan serta sistem yang digunakan saat ini.
Langkah yang bisa dilakukan antara lain:
- menunjuk PIC untuk memantau perubahan aturan;
- memperbarui SOP setelah ada perubahan yang relevan;
- mencantumkan tahun pajak dan jenis SPT dalam panduan internal;
- memastikan prosedur pembetulan mengikuti mekanisme yang berlaku;
- melakukan review terhadap transaksi atau pelaporan lama ketika ditemukan kesalahan.
Dengan prosedur yang diperbarui, perusahaan tidak hanya mengandalkan cara kerja yang sebelumnya pernah digunakan.
Dampak Kesalahan Pajak bagi Perusahaan
Dampak kesalahan pajak dapat berbeda-beda, tergantung jenis kesalahan, periode pajak, serta tahap ketika kesalahan tersebut ditemukan.
Selain potensi konsekuensi perpajakan, perusahaan juga dapat menghadapi tambahan pekerjaan administratif. Tim mungkin perlu menelusuri kembali transaksi, mencocokkan dokumen, memperbaiki data, dan menyesuaikan pencatatan yang sudah dibuat.
Sebagai ilustrasi, perusahaan dapat menemukan adanya faktur pajak masukan yang tercatat lebih dari satu kali. Tim kemudian perlu menelusuri dokumen transaksi, memastikan kondisi sebenarnya, menilai dampaknya terhadap pelaporan pajak, dan menentukan langkah perbaikan yang sesuai.
Ilustrasi tersebut bukan merupakan kasus klien JSmart maupun kasus tertentu yang ditangani DJP. Tujuannya hanya menunjukkan bahwa semakin cepat suatu kesalahan ditemukan, semakin cepat pula perusahaan dapat menentukan tindak lanjutnya.
Apa yang Perlu Dilakukan Saat Menemukan Kesalahan Pajak?
Ketika menemukan kesalahan, perusahaan sebaiknya tidak langsung melakukan perubahan data tanpa mengetahui akar masalahnya.
Beberapa langkah yang dapat dilakukan adalah:
- Telusuri kembali transaksi dan dokumen yang terkait.
- Rekonstruksi perhitungan atau perlakuan pajak yang seharusnya.
- Identifikasi SPT dan periode pajak yang terdampak.
- Periksa apakah mekanisme pembetulan masih dapat digunakan berdasarkan status pelaporan dan ketentuan yang berlaku.
- Dokumentasikan penyebab kesalahan dan perbaiki prosedur agar masalah yang sama tidak berulang. [1][6]
Perlu diperhatikan bahwa tidak semua kondisi dapat diselesaikan dengan cara yang sama. Mekanisme pembetulan SPT perlu dilihat berdasarkan status SPT dan ketentuan yang berlaku pada saat koreksi dilakukan. [1][6]
Baca Juga : Kapan Perusahaan Perlu Menggunakan Jasa Konsultan Pajak?
FAQ Seputar Konten
Apakah data pembukuan perusahaan harus selalu sama dengan data dalam SPT?
Tidak selalu. Perbedaan dapat terjadi karena perbedaan waktu pengakuan maupun perlakuan fiskal tertentu. Namun, perbedaan tersebut perlu dapat dijelaskan dan didukung dengan bukti yang memadai.
Apakah setiap kesalahan pajak pasti menimbulkan sanksi?
Tidak semua kesalahan memiliki konsekuensi yang sama. Dampaknya bergantung pada jenis kesalahan, kewajiban yang terdampak, periode pajak, dan kondisi ketika kesalahan tersebut ditemukan.
Apakah semua kesalahan bisa langsung diperbaiki dengan pembetulan SPT?
Tidak selalu. Perusahaan perlu melihat status SPT dan mekanisme yang berlaku pada saat pembetulan dilakukan, terutama karena terdapat perubahan mekanisme administrasi perpajakan. [4][5][6]
Apa yang perlu diperiksa perusahaan setiap bulan?
Perusahaan dapat memeriksa kesesuaian transaksi dengan pembukuan, data faktur pajak, bukti pemotongan, pembayaran pajak, dokumen pendukung, serta status pelaporan kewajiban pajaknya.
Kapan perusahaan perlu berkonsultasi dengan konsultan pajak?
Pertimbangkan konsultasi ketika selisih tidak dapat dijelaskan, transaksi memiliki perlakuan khusus, atau kesalahan memengaruhi beberapa periode. Siapkan ringkasan masalah dan dokumen yang berkaitan agar pembahasan terarah.
Kesimpulan
Menemukan selisih pembukuan, kesalahan perlakuan pajak, atau masalah dalam pelaporan tidak selalu berarti perusahaan harus panik. Yang lebih penting adalah memahami penyebabnya, melihat dampaknya, dan menentukan langkah yang sesuai dengan ketentuan yang berlaku.
JSmart Tax Consultant dapat membantu perusahaan meninjau kondisi perpajakan, termasuk ketika terdapat perbedaan data, transaksi dengan perlakuan pajak yang perlu ditelaah, maupun kebutuhan untuk menentukan langkah perbaikan.
Untuk berdiskusi mengenai kondisi perpajakan perusahaan Anda, kunjungi halaman kontak JSmart Tax Consultant
Referensi
[1] Direktorat Jenderal Pajak, Susunan dalam Satu Naskah Undang-Undang Perpajakan Edisi 2023, termasuk ketentuan terkait pembukuan, penyimpanan dokumen, SPT, pembetulan, dan pembayaran pajak.
https://www.pajak.go.id/index.php/id/sdsn-undang-undang-perpajakan-edisi-2023
[2] Direktorat Jenderal Pajak, SSD SPT Tahunan PPh, mengenai batas waktu penyampaian SPT Tahunan, denda, dan perpanjangan waktu penyampaian SPT.
https://pajak.go.id/id/ssd-spt-tahunan-pph
[3] JDIH Kementerian Keuangan, PMK Nomor 1 Tahun 2026.
https://jdih.kemenkeu.go.id/dok/pmk-1-tahun-2026
[4] Direktorat Jenderal Pajak, “Goodbye Skema Delta! Coretax Kini Terapkan Skema Replace Mulai 1 Oktober 2026”.
https://www.pajak.go.id/id/artikel/goodbye-skema-delta-coretax-kini-terapkan-skema-replace-mulai-1-oktober-2026-12pj2026
[5] Direktorat Jenderal Pajak, Pelaporan SPT dalam rangka pelaksanaan Sistem Inti Administrasi Perpajakan – PER-12/PJ/2026.
https://pajak.go.id/id/pelaporan-spt-dalam-rangka-pelaksanaan-sistem-inti-administrasi-perpajakan-12pj2026-tentang
[6] Direktorat Jenderal Pajak, Tata Cara Pelaksanaan Hak dan Pemenuhan Kewajiban Perpajakan, terkait ketentuan pembetulan dan pemenuhan kewajiban perpajakan.
https://www.pajak.go.id/id/peraturan/tata-cara-pelaksanaan-hak-dan-pemenuhan-kewajiban-perpajakan